古い友人のパオよりジェットに届いた一通のメール。文面には「案山より聖獣を見いだせ。我、四神相応に有り」という謎の言葉。疑問に思い、パオを探していたジェットは、パオが位相差空間内に閉じこめられていることを知る。そしてパオの孫娘メイファを付け狙う刺客の影。それは秘密のエネルギーを秘めた「太陽石」を巡る戦いの始まりだった……。

ヌイグルミに爆弾を仕掛けて世を騒がす爆弾魔テディ・ボマーを追うスパイクたちは、後一歩のところでスパイクを犯人と勘違いしたカウボーイ姿の賞金稼ぎ、アンディの妨害を受ける。それがスパイクの長い長いホンキィトンクな日々の始まりだった……。シリーズ中屈指のキャラ、アンディ登場。ある意味一番「ビバップ」らしい最高に笑えるエピソード！

ネット上に存在する謎の宗教団体・電子移民財団スクラッチ。その信者が次々に行方不明になり、教祖のロンデスに多額の賞金がかけられた。早速、抜け駆けするフェイ。しかし、ロンデスの正体は知れず、スクラッチの本部で賞金稼ぎたちの屍を目の当たりにする。フェイからの連絡にスパイクたちは渋々調査を始めるが……。退廃的なムードが全編を覆う。

かつて自分に宛てて送ったビデオレターが告げる、なくしてしまった過去。思い出せぬ記憶。その中にマーライオンの像が映っていることに気付いたフェイは、その像のある場所を知っているらしいエドと共に地球に向かった。立ち寄った修道院で明らかになるエドの父の消息とマーライオンの場所。そして、フェイは自分を知る老女に出会うのだった……。

レッド・ドラゴンで遂に内紛が発生した。その中でビシャスは捕えられ、スパイクもまた関係があるとみられて狙われることになり、ジェットが重傷を負った。危ういところをかつての弟分シンに救われたスパイクは、彼から火星にいるジュリアがビシャスに狙われていることを知らされる。その頃、フェイは何者かに追われる謎めいた美女を助けるが……。

スパイクは遂にジュリアと再会する。そんな中、レッド・ドラゴンではビシャスの逆転劇により長老たちが抹殺され、さらにビシャスはスパイクとジュリアを抹殺すべく号令を下していた。宿命とも言える、スパイクとビシャスの最後の戦いが始まった……。スパイクとビシャス、互いの意地とプライドを賭けた最後の戦いは手に汗握るアクションの連続だ！